Dalam menjalankan tugas dan fungsinya KPPBC TMP B Pontianak memiliki wilayah kerja, meliputi:
- Pos Pengawasan Bea dan Cukai Pontianak :
- Jungkat (PL)
- Pontianak (PL)
- Sungai Kakap (PL)
- Kubu (PL)
- Teluk air (PL)
- Padang tikar (PL)
- Kantor Bantu :
- Supadio (PU)
- Kantor Pos Lalu Bea Pontianak
- Pelabuhan laut Pontianak
