Guna meningkatkan kenyamanan pengguna jasa, Bea Cukai Pontianak telah menyediakan berbagai fasilitas. Salah satunya di Ruang Tunggu yang telah dilengkapi dengan berbagai fasilitas, seperti stopkontak yang dapat digunakan untuk mengisi daya laptop maupun smartphone, alat cek tensi, dan alat pijat otomatis.
Sembari menunggu pengguna jasa dapat membaca koran atau majalah yang telah disediakan atau sekedar membuat kopi atau teh yang telah disediakan gratis untuk pengguna jasa.
Selain itu Bea Cukai Pontianak juga menyediakan Ruang Laktasi, Ruang Konsultasi, Kantin Kejujuran dan juga fasilitas untuk penyandang disabilitas.
Apabila terdapat kritik atau saran rekan-rekan dapat menyampaikan melalui Kotak Pengaduan atau via telepon 0811 5690 222, email ki.majupontianak@gmail.com